In certe situazioni è possibile che la rimozione del boot manager di Windows 2000 (il menù di scelta di quale sistema operativo avviare accendendo il computer) non sia semplice come potrebbe sembrare in apparenza. Per evitare la formattazione del supporto, è possibile avviare il sistema in modalità DOS e digitare il comando sys c: seguito per pura formalità anche dal comando fdisk /mbr .
La stessa procedura può essere applicata per rimuovere il Linux Loader (LiLo) di Linux, in questa come in altre situazioni, e il comando fdisk /mbr generalmente sarà indispensabile. Fra parentesi, LiLo è celebre per l'ostinazione con cui rifiuta di togliersi dai piedi quando non è più necessario, al punto che neppure questa soluzione è garantita nella totalità dei casi. Il boot manager di Windows 2000 è intrinsecamente meno invasivo, ma non per questo meno fastidioso, quando decide di non schiodarsi.
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